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本发明提供一种测定浮游藻类细胞比增殖速率的方法，首先准备由生物相容性较好、无色透明、经微尺度加工制作而成的浮游藻类细胞微孔阵列培养装置，待测样品经预处理后，满足浮游藻类细胞密度介于1×105~5×105 cells/mL，接种进入上述微孔阵列培养装置中，培养8h～24h；对初始状态下进入微孔阵列培养装置中每个具有浮游藻类细胞的微孔进行细胞数量计数，确认微孔编号；培养结束后分别按照细胞数量增加、减少、不变等三种情况对上述编号微孔内的细胞进行再次计数；对出现细胞数量增加的微孔，结合其初始状态，根据细胞分裂倍增的理论计算公式，计算浮游藻类细胞比增殖速率，并进一步可获得种群的生长速率。